Yenidoğan ve Yenidoğan Cerrahisi Yoğun Bakım Ünitemiz; 16 Yataklı,
3 Çocuk ve 1 Çocuk Cerrahisi Uzmanımızın kontrolünde, 3. basamak, tam teşekküllü, Kütahya’da Tek olmak üzere çevre illerden gelen hastalara da hizmet vermektedir. Yenidoğan Cerrahisi bölümünde  Özefageal Atrezi ve Anal Atrezi hastalarına da hizmet verilmektedir. 01 Şubat 2007’de açılmıştır. Yoğun Bakım Ünitemiz Hepa filtreli,  izole mekana sahiptir, ayrıca 8 ventilatör, fototerapili 9 adet açık küvez, 3 adet kapalı küvez, 1 adet transport küvezi (istenildiğinde transport amacıyla verilebilir), 5 adet suni solunum cihazı, 2 adet yoğun fototerapi cihazı ve  11 adet hastabaşı monitörü mevcuttur. Yeni doğan bebeklerin ameliyat öncesi ve sonrası takipleri de bu ünitemizde yapılmaktadır.